Vad gäller förändringarna i influensavirus har två huvudmekanismer identifierats14-17. Dessa möjliggör rekombination av antigener enligt olika H- och N-proteiner: antigendrift och antigenförskjutning. Dessa omfattar förändringarna i influensavirusets genetiska sammansättningar som möjliggör återinfektion.
Antigendrift
Denna mekanism förekommer vid virusreplikation och producerar små förändringar i viruset som i sin tur skapar virus med liknande antigena kombinationer. Ackumuleringen av förändringar på grund av den antigena förskjutningen kan leda till uppkomsten av virus med olika antigena kombinationer.
Antigenic Shift
Denna mekanism förutsätter en mer plötslig förändring i kombinationen av influensavirusantigen, till exempel genom zoonos. Denna plötsliga förändring utgör ett stort hot avseende pandemiska influensautbrott eftersom befolkningens immunologiska svar kan vara helt oförberett på influensavirusets nya antigena kombination.